Pada awal abad ke-21, perang antara planet berlaku. Ekosistem bumi telah rosak teruk, dan ramai manusia terpaksa melarikan diri daripada planet tersebut, oleh itulah bermulanya sejarah baru bermula dengan Kalendar bintang bermula dengan tahun 0000. Dalam beberapa planet masyarakat baru ini yang dipimpin oleh kerajaan totalitarian, Pertubuhan Perdagangan Bima Sakti Dalam (Deep Galactic Trade Organization [DGTO]), benda yang "mengganggu hati" seperti muzik dan seni telah diharamkan. 48 tahun kemudian, kumpulan idola legenda AKB48 dibangkitkan semula oleh para gadis yang membawa nama dan semangat ahli asal sebagai kumpulan antara planet bernama AKB0048. Sejak kerajaan melihat kewujudan kumpulan idola sebagai haram, kumpulan idola tersebut tidak dapat menganjurkan konsert secra rasmi. AKB0048 juga mengubah konsep mereka daripada "idola yang boleh anda temui" kepada "idola yang pergi menemui peminat". Sesetengah orang menganggap mereka sebagai wira dan dilabel sebagai pengganas oleh orang lain, mereka mesti menggunakan senjata untuk membawa muzik mereka kepada peminat mereka di mana sahaja mereka berada. Cerita ini mengikuti sekumpulan pemudi berlatih untuk menjadi generasi AKB0048 yang seterusnya .

First stage

Empat tahun sebelum mulanya cerita, semasa melawat Lancastar bersama bapanya, Chieri Sono menjemput Nagisa Motomiya, Orine Aida dan Yuuka Ichijo untuk menyaksikan persembahan bahaya AKB0048 di tapak lombong planet tersebut ketika melawan askar DES dan hal ini menarik perhatian mereka dan memberikan mereka ilham untuk menyertai kumpulan idola tersebut. Empat tahun kemudian, Tahun 0048 Kalendar Bintang, Nagisa, Orine dan Yuuka lulus dalam uji bakat pusingan pertama kumpulan idola tersebut dan memulakan perjalanan mereka ke Akibastar, tanah air AKB0048 walaupun Nagisa ditentang bapanya untuk menyertai kumpulan idola tersebut.

Next stage

Pada tahun di mana ahli kenkyuusei ke-77 menyertai AKB0048, Deep Galactic Trade Organization [DGTO] (Kesatuan Bima Sakti Raya), sebuah kerajaan totalitarian dan Destroy Entertainment Soldier [DES] (Angkatan Tentera Pemusnah Hiburan), askar milik kerajaan tersebut telah menambah serangan mereka terhadap aktiviti hiburan. AKB0048 bertindak balas akan isu ini dengan membawakan semula Pilihan Raya Senbatsu dan posisi Center Nova. Ahli-ahli kenkyuusei sekarang bersaing secara langsung dengan para pengganti tetap. Apabila AKB0048 membawakan semula polisi yang sudah lama tidak ada, iaitu sejak kehilangan Acchan, satu pihak musuh yang lebih kuat sedang bergerak di belakang tabir dalam senyap.[3]